[Guida] Ubuntu 12.10/12.04 /11.10 Come creare associazioni di file personalizzate su Quantal Quetzal, Sopperire alla mancanza del tasto aggiungi che permetteva di scegliere le applicazioni a nostro piacimento in associazione con i tipi

Non l'ho testato, ma puoi provare a inserire l'opzione al fianco del comando all'interno del lanciatore (quando lo crei), il parametro da modificare e' "Exec=" lì metti il comando seguito dall'opzione.

Altrimenti potresti provare a creare un alias con l'opzione a te necessaria, poi fai aprire l'alias con un lanciatore e associare quel lanciatore come fosse un applicazione al tipo di file.

Spero possa funzionare nel tuo caso specifico, la guida agli alias la trovi QUI